非洲猪瘟病毒是具有大基因组的双链DNA病毒，传统上一般认为这种病毒的变异速度很慢，但是越来越多的证据表明，这种观点是错的。
DNA病毒传统上认为基因结构稳定，自发突变率较低。然而，对在不同时间在不同猪群中采集到的非洲猪瘟病毒的全基因组测序却显示出有大量的突变积累。尽管突变率与基因组大小趋向于负相关关系，但是现在非常明显的是，缓慢进化的病原的大基因组的突变是不断积累的，从时间维度上与RNA病毒相当。
分子进化分析表明，大型双链DNA病毒的进化速度确实可以非常快。对70年跨度的非洲猪瘟病毒基因组分析计算，进化速率为每年每个核苷酸10^-4个替换，这处于许多RNA病毒变现出来的典型进化速率的范围之内。这可以为非洲猪瘟病毒在中国（2018年以来仅2-3年时间）、东南亚及欧洲在比较短的流行期内即出现大量变异毒株提供一个合理的解释。
事实上，迄今为止所开展全基因组测序的很多细菌和双链DNA病毒都可以按天或按月积累新的突变，这很近似于在RNA病毒中所观察到的速度。出现核苷酸转移和替代的平均间隔，即观察到新突变的时间，双链DNA被认为是数月如天花病毒，HIV和流感是数天，牛分枝杆菌是数年。这表明具有较大且较复杂基因组的非洲猪瘟病毒在不同环境和不同宿主之间传播时很容易积累基因突变。同时，考虑到在非洲猪瘟的起源地——撒哈拉以南的非洲，还不断有新的基因型（目前有24种，p72），进一步表明非洲猪瘟病毒除了在不同基质中有很强的环境抗性，而且基因组并不稳定。
尽管有报道认为，非洲猪瘟病毒具有低变异率，原因其编码有高保真的 DNA 校对修复酶，但需要指出的是，大的双链DNA病毒的全基因组中，不同位点的进化率是有差异的。
事实上，DNA基因组编码一种独有的目前已知的唯一一种X型DNA聚合酶（X Pol）以及一种DNA连接酶，这两种酶的保真度都不高。非洲猪瘟病毒的DNA连接酶是目前已知体外保真度最低的。并且非瘟病毒的抗原和表型的广泛多样性，目前还未探究清楚。
据推测，在田间分离出的非瘟病毒具有的抗原多样性可能是由于这两种酶造成，一些研究人员提出假说认为 X Pol 连接酶系统在碱基切除修复途径中起到DNA战略突变器的作用，由于基于 DNA 修复过程中的错误增加而发生快速遗传漂移。
